ღარიბი მღვდლის ოჯახში დაბადებულმა ბიჭმა გორისა და შემდეგ თბილისის სასულიერო სასწავლებელი დაამთავრა. 1855 წელს შევიდა თბილისის სასულიერო სემინარიაში, 1861 წელს კი — კიევის სასულიერო აკადემიაში. პარალელურად უნივერსიტეტში საბუნებისმეტყველო დისციპლინებში ისმენდა ლექციებს, მაგრამ ჯანმრთელობის მდგომარეობის გამო იძულებული გახდა 1863 წელს სამშობლოში დაბრუნებულიყო. 1864 წელს იაკობ გოგებაშვილი თბილისის სასულიერო სასწავლებლის მასწავლებლად, ხოლო 1868 წელს მის ინსპექტორად დაინიშნა. მისმა პედაგოგიურმა მოღვაწეობამ მეფის რუსეთის სინოდისა და ხელისუფალთა უკმაყოფილება გამოიწვია და 1874 წელს, როგორც „პოლიტიკურად არასაიმედო“, მოხსნეს თანამდებობიდან. ამის შემდეგ გოგებაშვილი სახელმწიფო სამსახურში აღარ შესულა და მთელი სიცოცხლე საზოგადო მოღვაწეობას მიუძღვნა.
რა ღვაწლი მიუძღვის იაკობ გოგებაშვილს ერისა და ქვეყნის წინაშე?— ის, უპირველესად, მეცნიერული პედაგოგიკის ფუძემდებელია საქართველოში; დაუღალავი მებრძოლი სახალხო სკოლების შექმნა-დამკვიდრებისათვის. განსაკუთრებით დიდია მისი ღვაწლი ქართველთა შორის წერა-კითხვის გამავრცელებელი საზოგადოების დაარსებასა და საქმიანობაში. იაკობ გოგებაშვილმა ჩვენში პირველმა წამოაყენა აღმზრდელობითი სწავლების იდეა, ხოლო სწავლების პრინციპებად — შეგნებულობა და აქტიურობა, სისტემატურობა და თანმიმდევრულობა, მისაწვდომობა და თვალსაჩინოება. მისმა სასკოლო სახელმძღვანელოებმა – „ქართული ენის ანბანი და პირველი საკითხავი წიგნი მოსწავლეთათვის“ (1865), „ბუნების კარი“ (1868), „დედა ენა“ (1876) დიდი როლი ითამაშეს ახალი ქართული სალიტერატურო ენის განვითარებასა და დამკვიდრებაში.
იაკობ გოგებაშვილი ქართული საბავშვო ლიტერატურის ფუძემდებელიცაა. მისი ცნობილი მოთხრობა „იავნანამ რა ჰქმნა“, რომელიც 1890 წელს გამოიცა, დღემდე რჩება ჰუმანიზმის, პატრიოტიზმისა და ქართული სულის უკვდავების მარგალიტად. იაკობ გოგებაშვილმა ასევე დიდი ამაგი დასდო საყმაწვილო ჟურნალებს „ნობათს“, „ჯეჯილსა“ და „ნაკადულს“.
გასაოცარი კეთილშობილებითა და პიროვნული ღირსების განცდით იყო განმსჭვალული მისი ცხოვრება, მატერიალურად ეხმარებოდა ღარიბ მოსწავლეებს, სისტემატურად უგზავნიდა ფულს რუსეთისა და საზღვარგარეთის სხვა ქვეყნების უმაღლეს სასწავლებლებში ქართველ სტუდენტებს, ციმბირში გადასახლებულ საზოგადოებრივ-პოლიტიკურ მოღვაწეებს.
კიდევ ერთი და მნიშვნელოვანი ფაქტი — სიკვდილის წინ იაკობ გოგებაშვილმა მთელი თავისი ქონება ქართველთა შორის წერა-კითხვის გამავრცელებელ საზოგადოებას გადასცა. მისი ცხოვრება არის ცოცხალი მაგალითი ერის მსახურებისა და მოყვასის სიყვარულისა.
1876 წელს გამოვიდა იაკობ გოგებაშვილის უკვდავი „დედა ენა", რომელმაც დაამკვიდრა წერისა და კითხვის ერთად სწავლება — ეს იყო უდიდესი მიღწევა და გამარჯვება მისი მიგნებული სისტემისა და თავად ავტორისა. დღესაც კი, როცა ამხელა დრო გვაშორებს ამ მოვლენას, იაკობ გოგებაშვილის „დედა ენა“ სამაგიდო წიგნად რჩება თავისი უნიკალური პრინციპით, მარტივი და სადა ენით, გასაოცარი უბრალოებით, ქრისტიანული სულისკვეთებით.
2007 წელს გამოვიდა „დედა ენის“ 1900 წლის გამოცემა, შესრულებული უმაღლეს პოლიგრაფიულ დონეზე – ეს ჩემი სამაგიდო წიგნია! დედის რძესავით, იავნანასავით შეირგო და გაითავისა ქართველმა ერმა „აი ია“, რამდენი თაობა აღიზარდა ამ სისტემაზე, ეს არის სრულიად უნიკალური და ამავე დროს სრულიად შეუფასებელი შემთხვევა ერის ცხოვრებაში.
ქართველი ადამიანის ცნობიერება, მისი მენტალობა ორ საუკუნეზე მეტია „დედა ენით“ იწყება და ყალიბდება, სამყარო „აი იათი“ შემოდის ჩვენ აღქმაში — ასე შესისხლხორცებული გვაქვს დიდი იაკობ გოგებაშვილის მიერ მოფიქრებული და საფუძველჩაყრილი სისტემა წერა-კითხვისა, იგი უკვდავი თანმდევი სულია საქართველოსი!