90-იანი წლების დასაწყისში იგი მონაწილეობდა ზვიად გამსახურდიას წინააღმდეგ გამართულ საპროტესტო აქციებში, დააპატიმრეს და ციხეში იმყოფებოდა 1991 წლის სექტემბრიდან დეკემბრამდე პერიოდში. რეჟისორმა პირველი პოლიტიკური თანამდებობა დაიკავა ედუარდ შევარდნაძის პრეზიდენტობის პერიოდში, 1992-1993 წლებში იყო აფხაზეთის სახელმწიფო მინისტრი.
შემდეგ, მრავალი წლის განმავლობაში, ხაინდრავა შემოქმედებით საქმიანობას ეწეოდა და პოლიტიკურ პროცესებში აქტიურ მონაწილეობას არ იღებდა.
მოგვიანებით, როდესაც მიხეილ სააკაშვილი ხელისუფლებაში მოვიდა, 2004 წლის 17 თებერვალს იგი დაინიშნა საქართველოს სახელმწიფო მინისტრად კონფლიქტების მოგვარების საკითხებში და აღნიშნული თანამდებობა მაშინდელ თავდაცვის მინისტრ ირაკლი ოქრუაშვილთან კონფლიქტამდე ეკავა.
პოლიტიკოსს, მისი აზრით, ზომიერი შეხედულებები ჰქონდა, თვლიდა, რომ საქართველოს ტერიტორიაზე კონფლიქტების მოგვარება შესაძლებელია მხოლოდ მოლაპარაკებების, ქვეყნის ტერიტორიული მთლიანობის პრინციპების პატივისცემისა და საერთაშორისო ნორმების დაცვის საფუძველზე. ხაინდრავა მხარეებს ასევე მოუწოდებდა დიალოგისკენ და ნდობის მოსაპოვებლად კომპრომისის გზების მოძიებისკენ.
მან გააკრიტიკა რადიკალური მიდგომები და ქმედებები, იყო ძალის გამოყენების წინააღმდეგი, მხარს უჭერდა ადამიანის უფლებებს დაცვას და ჰუმანიტარული საკითხების გადაწყვეტას.
2006 წლის 21 ივლისს ხაინდრავა სახელმწიფო მინისტრის თანამდებობიდან გაათავისუფლეს, მან დაიწყო სააკაშვილის პოლიტიკის კრიტიკა, მონაწილეობდა 2007 წლის შემოდგომის საპროტესტო აქციებში. რამდენიმე წლის განმავლობაში პოლიტიკოსი ადამიანის უფლებების დაცვით იყო დაკავებული. იყო არასამთავრობო ორგანიზაცია „თანასწორობის ინსტიტუტის“ წევრი.